De Lhasa apso is een klein hondenras waarbij veel erfelijke afwijkingen bekend zijn. Echter, hoe groot de kans is, is voor veel aandoeningen nog onbekend. Door het platte neusje heeft de Lhasa apso vaak moeite met ademhalen (brachycefaal obstructief syndroom) en oogontstekingen, door haren die de oogbol continu irriteren (trichiasis). Door overmatige haargroei kan het haar tegen de ogen aan krullen (trichiasis), wat voor de hond erg hinderlijk is. Om dit te voorkomen moet het haar worden afgeknipt, of zijn haarstrikjes nodig. Net als veel andere kleine hondjes is er een groter risico op patellaluxatie, waarvoor een hersteloperatie kostbaar is, zeker als de aandoening zich voordoet aan beide knieën. Dit soort kleine hondjes kunnen oud worden, maar ondanks dat ze klein zijn, dient u rekening te houden met (hogere) kosten voor de dierenarts.